逍遥岛是被吴辉当作老窝来经营的，他可不希望有朝一日有人摸上老窝来堵他的被窝。
在无人察觉中，吴辉开始一点点的掏空逍遥岛。
吴辉以他布置在逍遥岛附近的海底基地为开端，派出大量采矿蠕虫，从基地下面的海床中向海岛掘进。
沿途所有可以利用的金属材料全部被分解吸收，分批储存起来，无用的碎石泥土则被抛洒在附近的海底。
掘进过程中形成一个巨型隧道，这个隧道的墙壁被吴辉填充进大量的钛合金阿米巴，保证其有足够的结构强度，不会在海水重压下出现坍塌泄露事故。
掘进至逍遥岛下面之后，吴辉一边掏空海岛，一边架设大量支撑立柱。因为没有现成的建筑设计图，吴辉干脆把‘生化危机’里蜂巢的结构图拿来借用，参考它的结构设计进行改良和优化，自己设计出一个集科研、生产、生活、避难、逃生、军事为一体的庞大地下基地。
在建设中吴辉奢侈的把钛合金阿米巴当作建筑材料来用，整个海岛基地主体几乎都由钛合金阿米巴构成，中间用到海量的各种稀有金属。
也多亏海底矿藏丰富，关键还都是处女地，一直未得到开发利用，让吴辉可以四处出击大肆开采，阿米巴采矿基地开始沿着矿脉星罗棋布的散布在大洋海底。
生物文明采矿有其自己独有的优势，首先他不会造成环境污染，各种采掘提炼都是在采矿基地体内进行，最终只会排出废弃的沙石泥土；其次它采矿的利用率非常高，无论富矿贫矿，只要矿石进了采矿基地，矿石中含有的金属元素全部会被离子化，以类似于萃取的方式被抽离出去，其中的金属元素几乎不会有遗漏，只剩下干干净净的无用沙石排出。
大量开矿开分基地，使得阿米巴的养料供应一时捉襟见肘。吴辉不得不开始在浅海区域建设大规模的供养基地，这些供养基地建在浅海海床上，平铺在海底，形成一层连绵不绝绿毯，绿毯为了充分利用阳光，形成地毯上种植大量海带的模式。
在海面上，可见的海水深度最大也不过30米，但是可见光散射透射范围一直可以达到200米。所以在人们毫无察觉中，阿米巴渐渐布满和占据浅海海底。
地球上最大生物种群和最大的氧气生产群落其实是海洋里的浮游生物和海藻，但是如果阿米巴采取类似于海藻的散步方式，在养料收集和运输上会出现巨大问题，吴辉只能采取这种铺地毯的模式。
为了保护生物多样性，吴辉没有采取霸道的全部替换和覆盖式铺地毯，碰到珊瑚礁、海底植被的时候，阿米巴地毯都没有直接覆盖，而是绕过去，只占据缺乏生物的沙砾和岩石海床。
好在海底的空间足够大，即便是采取这种谨慎的铺地毯方式，吴辉仍然获得了巨大的能量供应能力。
吴辉多点同时开建，众多的海底供养基地很快成长起来，每天产出大量的养分，这些养分都被转化成高浓缩的能量块被储存起来。
这时吴辉又面临另外一个问题，就是能量块的运输问题。这些养料基地基本都分布在水深在200米以上的浅海区域，而吴辉很多矿产基地是建设在暗无天日的深海海底。
如果采用管道运输的方式，那么就意味着吴辉要在海底建设一个庞大的管道系统，这些管道往往要在海底跨越几百上千公里，耗费大量养料的同时，还需要消耗大量能量进行养料运输，这还不算维持的消耗。这个庞大的组织结构，因为深处海底，不会有光合作用的收益，属于纯消耗单位，性价比实在太低。
为了解决这个能量运输问题，吴辉建设了海底运输体系，采取生物潜艇的运输模式。大量泰坦一号被制造出来，承担海底能量运输系统的重任。
把岛屿下面基本掏空之后，吴辉开始往里面塞各种建筑，打造一个属于自己的秘密基地。这个基地吴辉采取用全生物文明的模式，各种所需设备基本都由生物制品构成。因为它的墙壁、支撑立柱、所有的框架装饰、甚至门框座椅都是生物制品，基地内每一件东西都是活的，所以本质上来说，这个基地就是一个超级庞大的生物体。
这个超级生物由三大部分组成，其中两个是主体核心，一个是海底基地，一个是海岛基地，两个基地的功能大致相同，海底基地类似于海岛基地的冗余备份，同时兼任仓库的职能，除此之外就是海岛周围的海底绿毯，绿毯属于能源供应部分。
在海底基地里有完善的仓储和生产结构，负责各地金属原料、能量块的接受，并放进一个巨大的仓库内储存起来；还可以生产生物文明中所有制品，并且能够快速大规模生产，有一定生产基地的性质；海岛基地则有庞大的生活、科研结构，可以入住众多人员。
绿毯通过光合作用生成的能量液会被通过管道被收集起来，然后反复浓缩之后，被管道分别泵向海岛基地和海底基地。两个基地里有各自的输送系统，采用类似于血液系统的结构，将能量液输送至基地各处。
基地能量输送系统跟生物血液系统的区别在于它不需要静脉系统，并且会有非常多各式各样的心脏同时提供动力，帮助完成整个输送过程。
生物的血液系统基本是树状延伸的，而基地的能量系统则采取更复杂的网状结构，具备相当的容错能力，其中部分管道断裂或者堵塞并不影响整体功能，并且生物自身性质决定了，出现故障时它能够进行自我修复。
在这种情况下，基地内每一个设备后面连接的不是电线，而是运输能量液的微管。在基地里面，灯具是用能量液的，电梯是用能量液的，自动门同样是用能量液的。
必要时会有专门的借口将生物能转变为电能，基地里的插座一般分两类，一类是连接基地能量系统，供给能量液的；另一类插座其实是一种能量转化模块，可以将生物能转变为电能，科技文明的电器插在这种插座上也能够正常使用。
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