鸣人来到了妙木山，第一个来迎接的还是和鸣人关系最好的蛤蟆吉，蛤蟆龙也吵着跟鸣人要零食。接着鸣人和妙木山的各位熟人都打过招呼，就去找深作仙人。见到是鸣人，深作仙人道：“原来是小鸣人啊，上次来这里是三个月以前吧，孩子他妈经常提起你呢，大概是因为你喜欢她做的饭，所以......”
鸣人连忙道：“这一次我是有非常重要的事情要找您，这个，吃放的事情还是下次再说吧。”深作道：“喔？特意来到妙木山，到底是什么事情呢？”鸣人道：“木叶村即将面临巨大的危机，以我目前的实力完全无法抵挡，我希望深作大人能够想办法提升我的实力。”
深作想了想道：“原来是这样啊，从你现在的情况来看的话，可以进行那个修行了。”
鸣人连忙追问道：“那个修行？到底是什么样的修行？”
深作跳到一块大石头上道：“我接下来要教你的，已经不属于一般的忍术范畴，而是仙术。如果修炼成功的话，忍术，体术，还有幻术都能得到极大程度的强化。“
按照深作仙人的教导，鸣人开始修炼，但是始终无法感应到仙术查克拉，深作还是利用了妙木山的油，让鸣人先感觉到查克拉，然后再一步一步的学会控制。由于不能大量使用影分身，修炼的速度相对来说比较慢，不过鸣人还是在较短的时间就完成了这一阶段的修炼。
而木叶这边，就像之前鸣人预料中的那样，和土之国的谈判果然失败了，用大野木的话说：“没办法，黑色迅雷不死的话，就只有开战了。”一时之间，双方剑拔弩张，大量的忍者赶往国界周围的小国，为了避免风之国大规模参战，这一次土之国选择了通过草之国来进攻火之国。两个大国的冲突，这一次估计要以草之国为战场了。
土影非常清楚双方的实力，虽然表面上来说都是大国，但是实际上，木叶的实力还是要强一些的。不过，迫于各方面的压力，也只能硬着头皮上了。一开始，并没有爆发大规模的战争，只是不断的有小规模的摩擦。木叶一方有自来也和鹿久坐阵，在这种小规模的冲突中依然处于上风，土之国虽然也派出一些精英的忍者，但迫于整体实力的差距，只能再想其他的办法。
双方的行动其他各国也是看在眼里，作为大国的首领，说到底都是为了利益。土之国见单独对阵木叶不行，只能选择和他国结盟。风之国本来就是木叶的同盟，还派遣了少量的忍者来协助木叶，雷之国打算按兵不动，坐收渔翁之利，土之国的结盟之路并不顺利。
前往水之国的路途最为遥远，土之国派遣的使者到达的时间最晚，不过这一次他们的运气稍微好一点。雾隐虽然没有给明确的答复，但是雾隐也是野心勃勃，只是上次被鸣人教训了一次。吃了大亏的雾隐也一直怀恨在心，想找机会报仇，只是说一直没有机会。雾隐答应土之国，只要在有机会的情况下，一定会对火之国出兵。
这个消息传到了大野木手上，对于雾隐的做法，大野木直想骂人，都是一帮只想得利，又不愿意出力的家伙。不过转念一想，几大国之间的事情本来就是这样，现在雾隐给出了这样的答复，已经算是不错了。虽然土之国还是会吃亏，不过打败木叶的胜算又多了几分。
这个时候，大国之间各自有各自的算盘，小国为了生存，也不得不采取一些行动，一时之间，整个忍界风云涌动。而鸣人，还在妙木山修行仙术，虽然完成了第一步，但是仙术的修行难度很高。加上鸣人原本就是多动症，对于这种要保持不动的修炼方法不太习惯。
随着双方的不断摩擦，死亡的忍者在不断的增加，矛盾日益激烈。原本的小规模冲突，演变成了更大规模的冲突，死伤的人数进一步开始加剧。这就陷入一个恶性循环之中，双方参与战争的忍者数量不断增加。仇恨的情绪开始出现，两方的忍者战斗越来越残酷，不到对方死亡绝不停止。
许多年轻的忍者并没有见过忍界大战，对于这中大规模的互相残杀很不适应。土之国的忍者相比于木叶，更加的悍不畏死，不过木叶的整体实力更高，双方各有优劣，一时之间处于相持状态。不过，战争已经发展到这种程度，双方绝不可能善罢甘休，不分出胜负，战争是不可能结束了。
草之国经常弥漫着战火，不过双方暂时都还没有出动最厉害的忍者。都希望在前期的战斗中占据优势，木叶有鹿久这样的天才军事，但是土影活了一大把年纪，对于这种大战更加熟悉，也不是好对付的。土影的老谋深算。鹿久的超强大脑，双方也是各有千秋。
战争一直在持续，但是土之国内部等不及了，一直在催促加快战争的进程。大野木没有办法，只能扩大战争的规模，希望木叶投入大量的兵力之后，雾隐能够看准时机进攻木叶。大野木派遣了自己最信任的黑土和赤土两人过来，准备给木叶一个突然袭击，同时大规模调动岩隐的忍者，希望在初步行动成功之后，采取大规模的行动。
但是大野木的这些行动，鹿久也有所察觉，他提醒自来也要小心应对。木叶也增派了大量的人手，像卡卡西，凯这些实力强劲的忍者都被派往草之国的国境旁。岩隐发动了一次夜袭，先是一小股部队，接着岩隐的大部队如潮水般涌出来，希望以人数取得胜利。但是，木叶一方也早有准备，同时派出了大部队，这么一来双方就只能以实力来一决胜负了。岩隐大多擅长土遁，在这种大规模战争中联合使用，非常有效果。
相比之下，木叶在这方面不占优势，不过木叶大的家族非常多，有很多强大的秘术，岩隐应付起来也非常的困难。在这种时候，就只能看双方的精英忍者了，往往只有这些人才能改变战局。
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