纲手回到木叶村，木叶基本恢复了以往的平静，不同的是，几乎所有的上忍都要出去执行任务，其他下忍相对来说也比较忙，但是这些任务相对于鸣人来说意义不大，所以鸣人也有了自己的打算。
这一天，鸣人刚好来到纲手的火影办公室，手中拿着这次任务的战利品“雷神之剑”。这把剑原来属于木叶村，是二代火影使用过的武器，本身具有强大的雷属性查克拉，而且携带方便，雷属性查克拉形成的剑刃可以收放自如。但是这把武器却流落到了雨忍村的垃圾上忍“葵”的手中，葵根本就不会使用雷遁，实力也只能说勉强算个上忍，被鸣人解决之后夺回了雷神之剑。
就在鸣人向纲手汇报任务时，一个拄着拐杖，纱布蒙住右眼的人走了进来，正是根部的首领“团藏”。团藏看了鸣人一眼，接着目光转向纲手道：“火影大人，正好鸣人也在，目前村子处于非常时期，暗部的任务非常多，作为村子里的天才忍者，旋涡鸣人只作为下忍实在是浪费，希望火影大人能够批准让他加入根，在那里相信鸣人可以得到更快的成长”。
听到团藏这话，纲手很清楚团藏的目的，脸上透露出不快道：“不行，鸣人不是一般的忍者，为了他的安全起见，绝对不能让他加入根。”
团藏道：“根本来就有很多天才忍者，而天才不仅要能够在阳光下成长，也要有适当的压力。”
“让我加入暗部吧，火影大人”鸣人道。
团藏不由一喜：“既然鸣人也愿意的话，那么火影大人......“
“但是，我要加入的是火影直属的暗部，而不是根”鸣人道
听到这话，团藏深深的看了鸣人一眼道：“鸣人，人总是要为自己的选择担负责任的，希望你能够早一点明白。“说完，转身离开了火影的办公室。
见到团藏离开，纲手则是对鸣人担忧道：“鸣人，你真的想好了吗？暗部不是你想象中的那么简单，你将面临很多血腥和残忍的事情，以你现在的年纪还不适合。”
“你放心吧，纲手婆婆，加入暗部也是我想了很久才做出的决定”，鸣人道。
接着，鸣人推了推头上的护额道：“火影大人，作为木叶的忍者，我肯定是要为木叶做出自己最大的贡献。但是，我还有一个要求，为了隐藏我的身份，我希望第七班有重要任务的时候我还是要尽量一起执行。
纲手道：”这样也好，我同意了。“
其实，这个决定鸣人也是想了很久才这么做的，加入暗部可以有很多更有挑战性的任务，同时也便于和别国的忍者交手，这样就能多解决一些别国的强大对手，为鸣人将来要做的那件事情做准备。在暗部有了一定的地位之后也会更加自由。为此，鸣人也是做足了准备。
首先，通过向卡卡西等人学习，更熟练的使用雷遁，也开始了水遁的修行，同时还夺得了雷神之剑作为更趁手的武器。买了一套黑色的衣服和披风，作为暗部的专有打扮。
和明面上的忍者一样，暗部也是有组织的，同样也会为了任务而组建小队，但是更加隐蔽，如果在任务中死亡的话，为了高度保密，连尸体都不允许留下。鸣人才刚刚加入暗部，暂时没有加入小队，只能进行单独的任务。而纲手给鸣人的第一个任务是，找机会暗杀一个巴之国的大名，发布任务的是另一个大名的继承人。
由于巴之国的这位大名刚刚继位，如果出现意外的话就会另外选择继承人。但是这样的事情并不能做得很光明正大，要做得很像是意外的情况，而且不能有任何把柄。木叶之所以接下这个任务完全是因为对方愿意付出高额的酬劳，在目前这种情况之下，木叶需要大量的费用，其他方面的问题也只能暂时不去考虑了。
任务要求，杀死巴之国大名，不留下任何证据，不管用什么手段都可以。几乎任何国家都会有忍者，只是数量的多少以及精通的忍术不一样，但是不管如何，在这种时期大名身边肯定会有大量的忍者保护。不过任务的关键只要杀死大名倒是有了很大自由发挥的空间。
接到这个任务，鸣人首先要通过变身术了解大名的行踪，经过几天的调查，鸣人得知大名每一次外出都要带大量的护卫，其中忍者不下二十人，其中还有上忍。至于在大名府内部的情况就不太清楚了。对于这种情况鸣人心中也有了计较。
两天以后，大名要出行道一个比较远的地方去，带着大量护卫前往，但是是一个远离城市的地方，行进到半路，一个人挡在路中间。这人穿着一身黑衣，黑色的披风刚好拖到地上，个子不是很高，头上戴着面具，没有办法判断年龄和身份，这人正是以暗部身份执行任务的鸣人。
走在最前面的护卫大声喊道：“前面那个人，赶紧滚开，没看见是大名的车队吗？”
鸣人依旧站在那里，仿佛没有听见，咳嗽一声，装作很老成的声音道：“你就是巴之国新任的大名吧，一看就没什么才干，连手下怎么讲话都没有教会，难怪有人想要你的命，你去死吧。”
车上的大名听到鸣人的话哈哈大笑：“你就是那家伙派来杀我的刺客吧，作为刺客如果采取暗杀的方法可以说是防不胜防，没想到居然这么白痴，难道你想凭一个人打败我们这么多人吗？大家把他围起来，抓活口”
鸣人依旧站在原地，亮出雷神之剑。带头的上忍见到雷神之剑，马上提高了警惕，对周围的人道：“大家小心，这个人不是一般的忍者。”
就在众人听到这话的同时，只见雷神之剑亮起雷属性的查克拉，同时鸣人身上也浮现出查克拉，就好像一道闪电划过，几十个人的脑袋就搬家了，只有那两位上忍挡住鸣人一刀，但是身上也被雷电击中，倒在地上。鸣人，手持雷神之剑，缓缓走过去道：“到底是小国，就连上忍也只有这种程度的实力吗？”两道雷光闪过，结果了两人的性命。
鸣人转过身来看向车上的大名，只见这大名瘫倒在车上，完全没有了刚才的气势，嘴里不停的叫着：“妖怪，妖怪。。。”鸣人走上前去道：“无论是智慧还是力量都不怎么样，单单只是因为父母的原因就可以继承大名的位置，即使穿上了高贵的衣服也改变不了垃圾的本性。”
说完只听到一声惨叫。
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