葡萄牙人占领了这里，等于占领了一聚宝盆呀！这里成为了他们在南洋最重要的基地，荷兰人打了几次主意，这都无功而返。
葡萄牙人的军队不仅有来自本国的军人，还有不少欧洲的雇佣兵，还有大量当地人组成的步兵队伍，除了一支舰队外，他们还花费巨资修筑护城的城墙，并在总督府附近建造了坚固的堡垒卫城。
由于城市本身被流入马六甲海峡的河流分为两部分，所以这座带有清真寺的要塞本身还扼守这联通两处城区的沿海大桥。只有通过大桥和要塞的防御火力，船只才能进入安全的城市内港停泊。可以说马六甲城对于任何想要攻克他的敌人来说，都是一块难啃的骨头。
这是一座国际化大都市，城里云集了当地的马来人，印度的泰米尔人、孟加拉人和古吉拉特人，地中海和西亚来的土耳其人和亚美尼亚人，中南半岛上的越南人、泰国人和缅甸人，东面的文莱人和菲律宾人，甚至还有打破海禁政策南下的大明人。
当郑芝龙舰队出现在外海，造成了巨大的震动，乱成了一团，许多人都认为是海盗前来洗劫城市了。
郑芝龙是打着大明水师的旗号，但是这年头，兵和贼很难分开，况且这郑芝龙本来就是大海盗，穿上官服没多久，谁敢保证他不会脱下官服，干上一票，捞些外快和打秋谷？
郑芝龙让使者传来了宣战书。
葡萄牙马六甲总督阿齐兹惊得呆了，宣战！开什么玩笑？如果不是郑芝龙的舰队来了，还一字排开，升起了大炮，阿齐兹真的认为，有人是在开玩笑了。
阿齐兹一方面与郑芝龙谈判，另一方面则利用拖延的时间，组织军队准备抵抗。他的部下在内港入口上方的大桥上建立了防御用的栅栏，并在内港聚集起了一支舰队。
同时在马六甲城内的葡萄牙商人蛊惑下，准备对城市内部发起一次特殊的肃反行动，将可能不站在他一边坚持抵抗的非葡萄牙商人一网打尽。这样一来，不仅不少来自印度和东南亚地区的商人可能遭殃，连当时正在港内的十艘大明商船也不能幸免。
阿齐兹派人前来责问：“两国一向友好，为何突然开战？”
郑芝龙道：“你们攻击大明属国吕宋，这是对大明皇帝及大明朝廷的挑衅，必须承受大明的怒火。”
使者诡称：“吕宋还没有建国，大明还没有正式承认吕宋国，所以我等并不算攻击大明的属国。”
郑芝龙道：“这一点你们可以去北京，向大明皇帝陛下申诉，本官奉令攻打马六甲，挡我者死。”
使者道：“我们马上派使者去北京申诉，在此期间，你们不可以发动攻击。”
郑芝龙道：“本官的任务是拿下马六甲，尔等不投降，立即发动进攻，尔等后果自负。”
使者再三劝说，郑芝龙不为所动，只好灰溜溜的走了。
次日，经过大半天等待后的大明舰队发起了第一次攻击，他们几十艘大型战舰一字排开，对城市发动了炮火急袭，炸得马六甲城沙石横飞，烽烟四起。
葡萄牙人的舰队，主力己率贝尔格总督的舰队出征，剩下的小舰队，打打海盗，捉捉走私，维持治安尚可，要对付郑芝龙的大舰队，根本不是对手，才刚交战，他们就被击沉了一半，余者亡魂大冒，逃入了港湾之中，在跨河大桥上的炮台掩护之下苟活。
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