俗话说不怕不识货，就怕货比货。在看过党卫军的严密组织和严明纪律之后，回到青岛的蒋志清再看所谓“中华革命党东北军”的时候，就怎么看都不是滋味。
虽然顶着东北军的名号，但是这支“东北军”并不是在东三省活动。居正在青岛设立了中华革命军东北军总司令部后，迅速招兵买马，来者不拒。结果胶东各县的民团和一些来自辽东绿林武装纷纷投靠其麾下，另外还有部分警察、退伍士兵、反正的北洋军和自愿参加反袁运动的热血青年。在这些人中，青年学生是抱着满腔的爱国热忱参加护国讨袁运动的，他们的政治热情和思想觉悟都比较高，虽然军事技术较差，但纪律严明，自觉性高，至于其他成分就很难说了。
那些东北的“红胡子”，虽然归顺了革命，可恶习不改，“五大团”则自由行动，到处抢劫，军纪荡然，百姓怨声载道。至于警察、退伍士兵和反正的旧军自不待说，旧中国向来兵、匪一家。
即便是民团，也不单纯，里面即混有不少日本特务。因为自第一次世界大战爆发后，日本即把东北视为其势力范围，在山东派遣了不少特务间谍，其中有些就钻进了中华革命军，以中华革命军东北军作掩护，从事间谍活动，“经常将东北军的编制、军事部署和行动计划等向日本的间谍大田报告，等等。”反正的旧军，也潜逃成风。
作为军事科班出身的蒋志清立刻发现了革命军的问题所在，首先是总司令部机构不健全。总司令部没有侦察员，参谋处没有侦察科，而侦察科则是部队的眼睛，不侦察敌情就不能知彼知己；整个东北军也没有军医。
其次是规章制度不健全。总司令部各处没有编制表，也没有各师、团的花名册，整个部队有多少确切人数都不知道。总司令部也没有总值日员，各处、师、团也没有值日员，人员进出随随便便。军械科、经理局没有自己的会计制度，各师、团的现有武器也没有报表等等。
再有部队军纪很差。第一师某部发生“在南流附近各村庄抢劫焚掠等事”。随后他又发现官兵们经常身着军装进入民居店铺座谈，一些军官经常体罚士兵，任意罚跪，各处站岗的哨兵口号不明，士兵扛枪时扛枪的姿势也不统一。
为了加强中华革命党对“东北军”的控制和领导，已经升为参谋长的蒋志清开始着手整顿东北军。
他首先建议总司令部“添侦探员数名”，参谋处设“谍报一科”。整个东北军也没有军医，他又建议总司令部设军医科，各师、团队亦应设军医，战时救死扶伤，平时整顿卫生；
他又建议建立和健全各种规章制度，建议总司令部应设总值日员一名，“由参谋与副官各处长轮流担任”，各师、处也要设值日员，以与总司令部联系汇报。各处应建立编制表，各师、团应向总司令部递交所属部队的花名册。军械科、经理局应建立健全的会计制度，军械科的各种军械武器、经理局的收支款项，都应造具表册，以备查核。各师、团现有武器军械，亦应造表上报，各部队的起居和训练时间要统一。总司令部的出入人员应有出入证，“总司令部各物持出时，拟发持出证为凭”等等。
他还发出了一系列条令，加以改正。他要求第一师旅长赵中玉对所部在南流附近的抢掠事件进行认真查处，规定嗣后兵卒不得身着军服在各铺户座谈，及行路时不得向商民恫吓、敲诈等。各站岗的哨兵口号要一律明确，官兵扛枪的方式要一律枪身向右，以归统一。兵士有过，不准罚跪，以保军人体面，等等。此外，鉴于部队士兵高矮悬殊，老少不齐，他还建议裁汰老弱，以后征兵时，对于应征者的年龄、体格和文化程度都要有一定的要求。
蒋志清的这一系列整顿措施，对于建设一支有坚强战斗力的革命队伍是十分必要的。但是，他的这些整顿措施，只是停留在向部队发布一些条令的水平上，并没有认真加以落实，实际都成为一纸空文，而且，他对部属的态度也很粗暴，喜欢和人争吵，到部队不几天，即与好几个同事闹过了。各中下级军官纷纷反映，说他刚愎自用，太不和气，作威作福，目中无人。
后来又发生擅自撤查团长王贯仁一事，更使得蒋失去人心。王贯仁为朱案青师的一名团长，行伍出身，原系旧军，护国讨袁运动兴起后，加入中华革命军东北军。可他虽然加入了中华革命军的东北军，但军阀作风未改，平素对部队的训练很不认真，纪律松弛，蒋志清对此已十分恼火。后来王贯仁用强暴手段抢了贾姓少女为妾。
事情发生后，蒋志清擅用许崇智的名义革除王贯仁职务。王贯仁事件在东北军中产生了强烈的反响，引起许多旧军人和“红胡子”们的强烈不满和反对。此后不久，蒋志清就离开了东北军。总计他在东北军中担任参谋长的时间前前后后一共十三天。
蒋志清的仕途不顺利，李默涵这里也发生了一些插曲，是关于兵工厂仿制火炮。
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